Le fonds de l'Hôpital général Saint-Charles est d'une richesse importante pour l'histoire locale de l'assistance.
Pour l'histoire hospitalière de la ville sous l'Ancien régime, on trouve des séries complètes de délibérations de l'Hôpital général depuis sa fondation (3 HDT E 1-34), les comptes et dépenses avec leurs pièces justificatives (3 HDT E 40-454 et 491-590) et des données sur les consommations alimentaires (pain et vin), le produit des enterrements, les loteries et bien sûr les mouvements de population (pauvres, enfants naturels et exposés, apprentis). Mais le fonds de l'Hôpital général offre aussi de très riches ressources pour l'histoire économique : les manufactures de l'hôpital fabriquent en effet bas et bonnets de laine, ainsi que des toiles de coton et des chapeaux. La production et le recensements de la main d'œuvre utilisée dans cette perspective sont bien documentés (3 HDT E 455-490).
Par ailleurs, comme pour le fonds de l'Hôpital Saint-Eloi, la variété des dossiers de légataires est à noter (3 HDT B 18-544). Ainsi peut-on citer Charles Pradel et Charles Joachim Colbert de Croissy, évêques de Montpellier, J. F. Négré de Lacan, grand archidiacre de Montpellier, Jean Milhau, ancien capitoul de Toulouse, Gabriel Azémar, commandant d'artillerie de la province de Languedoc, Jacques Bonniol, inspecteur général des fermes et gabelles du Roi au département de Narbonne et Roussillon, Philippe Bossuges, lieutenant colonel du régiment de Vivarais, ou encore Jean Rascousier, porteur de chaises de Madame de Roquefeuil. Les archives liées à ces successions expliquent la présence de documents en rapport avec le clergé : comptabilité de l'évêché de Montpellier de 1696 à 1721 (3 HDT B 189-242), administration de l'abbaye du Saint-Sauveur de Lodève de 1698 à 1770 (3 HDT B 430-446), ou encore, plus éloignée, de celle de Froimont, dans le diocèse de Beauvais, ou du prieuré de Longueville dans le diocèse de Rouen (3 HDT B 269-303). Quelques papiers de famille ont également été laissés à l'hôpital par les pauvres décédés ou les orphelins (3 HDT H 1-5). Ces dossiers constituent autant de sources pour l'histoire religieuse, militaire et sociale du département.
Sont également à signaler plusieurs fonds annexes, dont les archives se trouvent assimilées aux séries de l'Hôpital général :
- l'Hôpital de Balaruc-les-Bains est une dépendance de l'Hôpital général spécialisée dans le traitement des militaires pendant tout le XVIIIe siècle et la moitié du XIXe siècle. Ces archives contiennent en particulier les comptes et recettes de l'hôpital, ainsi que des projets d'agrandissement et de construction (3 HDT E 29-30, 239-240, 259-260, 440 et 535, 3 HDT G 1-3, 4 O 2).
- les archives de plusieurs hospices civils et des hôpitaux diocésains du département y figurent également, à la suite de la réforme hospitalière de 1662, sous la forme de titres, testaments et comptabilité : Aniane, Baillargues, Béziers, La Boissière, Colombiers et Candillargues, Carcassonne, Castelnau, Le Crès, Castries et Cournonsec, Celleneuve, Cournonterral, Fabrègues, Fontanès, Frontignan, Ganges, Lansargues, Lattes, Lavérune, Lodève, Lunel, Lunel-Viel, Les Matelles, Maugio, Mireval, Montarnaud, Montbazin, Mudaison, Narbonne, Pignan, Poussan, Puechabon, Rouet, Saint-Brès, Saint-Just, Saint-Martin-de-Londres, Saint-Matthieu-de-Tréviers, Saint-Paul, Saussines, Sussargues, Teyran, Toulouse, Vic, Villeneuve-lès-Maguelone, Viols (3 HDT B 9, 11, B 16, B 322, B 402, B 438-439, B 545, B 549, B 561-562, B 571-572, B 585-587, B 596, B 610, 3 HDT E 510, 3 HDT E 239-240, 3 HDT H 17)
Cette même réforme hospitalière de 1672-1693 explique la présence de documents de la fin du Moyen-Age en rapport avec quelques anciennes léproseries, dont le temporel est temporairement géré par l'Hôpital général : maladrerie dite de Portello à Toulouse (3HDT B 382) et léproserie de Castelnau (3HDT C 8).
Enfin, la Révolution française, la fermeture des établissements religeux et l'attribution de leurs biens à l'Hôpital général, justifient la présence de deux livres de recettes pour le Bon Pasteur de Montpellier de la deuxième moitité du XVIIIe siècle (3 HDT E 591).